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A criação da Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (Ebserh) integra um conjunto de ações empreendidas pelo Governo Federal no sentido de recuperar os hospitais vinculados às universidades federais. 

Desde 2010, por meio do Programa Nacional de Reestruturação dos Hospitais Universitários Federais (Rehuf), criado pelo Decreto nº 7.082, foram adotadas medidas que contemplam a reestruturação física e tecnológica das unidades, com a modernização do parque tecnológico; a revisão do financiamento da rede, com aumento progressivo do orçamento destinado às instituições; a melhoria dos processos de gestão; a recuperação do quadro de recursos humanos dos hospitais e o aprimoramento das atividades hospitalares vinculadas ao ensino, pesquisa e extensão, bem como à assistência à saúde. 

Com a finalidade de dar prosseguimento ao processo de recuperação dos hospitais universitários federais, foi criada, em 2011, por meio da Lei nº 12.550, a Ebserh, uma empresa pública vinculada ao Ministério da Educação. Com isso, a empresa passa a ser o órgão do MEC responsável pela gestão do Programa de Reestruturação e que, por meio de contrato firmado com as universidades federais que assim optarem, atuará no sentido de modernizar a gestão dos hospitais universitários federais, preservando e reforçando o papel estratégico desempenhado por essas unidades de centros de formação de profissionais na área da saúde e de prestação de assistência à saúde da população integralmente no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS).